La Direcció de la Red Asistencial Juaneda ha apostat per un Sistema de Gestió de Qualitat basat en el model S.E.P. (Sanitat Privada Excelent). Aquest sistema cumpleix amb estàndards acceptats a Europa i a la resta del món occidental, que conduen específicament al cumpliment tant de la reglamentació aplicable a la sanitat com dels criteris que es dicten en la norma internacional ISO 9001:200.

El programa S.E.P. fou impulsat per la Federació Nacional de Clíniques Privades i inclou estàndards d'altres models internacionals de reconegut prestigi (EFQM i Joint Comission). La seva implantación constitueix una forma més de demostrar el compromís de l'organització amb la millora continua i la preocupació per integrar adequadament la gestió de la qualitat, del medi ambient i de la prevenció de riscos en l'operativa diària de tot el centre.